Tháng 10 năm 2010, Lê Quốc Sự bị Ủy ban Kiểm tra Trung ương Đảng Cộng sản Việt Nam khóa 10 kỉ luật cảnh cáo về Đảng vì "thiếu trách nhiệm để đơn vị xảy ra nhiều khuyết điểm, vi phạm trong lĩnh vực quản lý, mua sắm tài sản; vi phạm các quy định của Nhà nước về quản lý, sử dụng đất an ninh; gửi tiền có nguồn từ ngân sách Nhà nước vào ngân hàng."[3][4][5]